藥師儀軌一具
若欲入向道場者，先澡浴清淨，以真言手印，灑淨所換之衣。次以真言加持其衣而著。真言曰：
「唵微莾羅莎縛賀」
次即衣著。真言曰：
「唵鉢哩嚩羅多嚩曰里尼吽」
次飲水灑淨。真言曰：
「唵摩訶入嚩羅吽」
次入向道場時，不起貪欲瞋恚等，專念本尊而住，次至道場門外灑淨。
次香水灑身，以後稱吽字三聲，然後道場并觀想聖眾，遍滿道場，如影重之，不相妨礙。次入道場已，面向於本尊，合掌作禮，禮三部尊，及本尊已，舉頭諦觀佛菩薩金剛像也。向佛陳說三世宿愆惡障，重懺本尊所，亦如是懺禮。偈曰：
「我從過去世，流轉於生死，
今對大聖尊，盡心而懺悔。
如先佛所懺，我今亦如是，
願承加持力，眾生悉清淨。
以此大願故，自他獲無垢。」
次香水淨三業。真言曰：
「唵薩嚩婆嚩輸馱薩嚩達麼薩嚩婆嚩」
輸度啥次定心已，作三部三昧耶。真言曰：
「唵怛他蘖覩納婆縛也娑嚩訶」
「唵跛娜謨納婆縛也娑嚩賀」
「唵嚩曰盧納婆縛也婆嚩賀」
。
次遣除身中毘那夜迦。真言曰：
「唵闍波沒㗚帝賀囊迦囊吽泮吒」
次辟除諸障。真言曰：
「曩謨嚩日羅也吽賀囊莾他尾特夢婆輸𬧹羅也泮吒」
次辟除諸物所有諸難。真言曰：
「唵枳哩枳哩羅嚩嗟捺羅𤙖泮吒」
次去垢。真言曰：
「唵枳哩枳哩嚩日羅𤙖泮吒」
次清淨。真言曰：
「唵爾囊爾迦」
次光澤。真言曰：
「唵帝誓帝惹徒尾寧徒提沙馱吽泮吒」
次神分，次唱禮，一切恭敬。次供文，次四方四佛、四菩薩，次本尊稱名三遍，次三部界會一切佛菩薩等，次驚覺。真言曰：
「唵嚩曰魯底瑟吒吽」
。
次九方便，至心歸命：
「歸命十方正等覺，三世一切具三身，
歸命一切大乘法，歸命不退菩提眾，
歸命諸明真實言，歸命一切諸密印。
以身口意清淨業，慇懃無量恭敬禮。」
「歸命頂禮藥師瑠璃光佛。」
次禮方便。真言曰：
「唵 曩莫薩縛怛他蘗多 迦野弭縛吃質多 縛日羅滿娜南迦嚕弭」
次至心歸依，次真言，次施身方便了，歸命頂禮，施身方便，真言如例。印者，金剛合掌，投身舒耳。若莊校投者，運心耳。次至心發願了，歸命頂禮，發菩提心方便真言。次至心懺悔了，歸命頂禮。次真言。
次至心隨喜了，次歸命頂禮，次真言。次至心勸請了，次歸命頂禮，次真言。次至心奉請誦了，次歸命頂禮，次真言。次至心迴向誦了，次歸命頂禮，次真言如例。
次護身。真言曰：
「唵嚩日羅𡁬儞嚩羅捻跛跢也娑縛賀」
次大護身真言曰：
「唵入嚩羅囊也𤙖泮吒」
次被甲真言曰：
「唵度比度比迦也度比鉢羅入嚩里寧娑婆賀」
次結髮。真言曰：
「唵蘇悉地羯哩莎嚩賀」
次結地界。真言曰：
「唵枳里枳里嚩日羅縛曰里部律滿馱滿馱吽發吒」
次結方隅金剛幡。真言曰：
「唵薩羅薩羅縛日羅伽羅吽泮吒」
次置寶座等。真言曰：
「唵毘莾嚕挪地𤙖」
次阿者羅吽：
「唵阿者羅微𭋸娑婆賀」
「唵迦莾羅娑婆賀」
「唵囊莾薩嚩怛他蘖哆南薩羅嚩他欠烏跢蘖帝娑破羅呬莾闍伽伽囊釰娑嚩賀」
次「以我功德力，如來加持力，及以法界力，普供養而住。」
次大虛空藏普通供養真言并印：
「唵誐誐曩三婆嚩嚩日羅斛」
次遏伽以辨事真言持誦，後以部母呪呪之，置於左邊。
次部母。真言曰：
「娜牟婆伽婆都烏瑟尼沙耶唵盧盧娑普嚧若嚩羅帝瑟佗悉陀嚕者儞薩嚩羅他娑但儞莎訶」
次於寶座上，觀本尊種子字，并結根本印。
次轉字成本尊。真言曰：
「曩莫三滿多沒馱南」
次欲請本尊，先執香爐，誦真言，淨治空中道路。真言曰：
「唵蘇悉地迦里入嚩里多南多暮羅曳入嚩羅滿馱滿馱賀囊賀囊𤙖泮吒」
次發願啟白眾。
次奉請本尊。更先想座已也，成就車輅，送本尊所。
寶車輅。真言曰：
「唵都嚕都嚕吽」
次請車輅。真言曰：
「娜麼悉底哩野地尾迦南怛他𮓌多南 唵嚩曰郎銀儞野羯唎沙也莎訶」
次召請奉本尊。真真言曰：
「唵枳里枳里嚩日羅吽泮吒」
次視三昧耶。真言曰：
「唵昇羯三莾烟莎訶」
次奉閼伽。真言曰：
「唵藥乞私囊那也見捺羅達弩鉢捨莎訶」
次奉蓮華座：
「唵味羅味羅也莎訶」
「唵鉢那莾味羅也莎訶」
「唵縛日羅味羅也莎訶」
次陳善來世尊真言，持誦奉獻。
次結上方金剛網。真言曰：
「唵尾娑普羅捺落乞刃縛日羅半惹羅吽泮吒」
次上下方。
次火院真言曰：
「唵阿三莾擬儞吽泮吒」
次重結大界。真言曰：
「唵昇羯莾訶三摩焰莎訶」
次奉塗香。真言曰：
「伊𠰢言馱輸婆儞微夜輸者也輸者輸者輸者也莾夜儞吠儞始薄訖底也鉢羅底仡㗚呬也鉢羅四椰��唵阿賀羅阿賀羅薩羅縛尾儞夜達羅布爾帝莎訶」
奉華真言：
「伊𠰢蘇莾囊素儞尾夜輪者輸輸者輸囊也莽夜寧唵伏儞多薄訖底夜鉢羅底仡㗚呬也鉢羅四挪��唵阿賀羅阿賀羅薩羅縛尾儞夜達羅布爾帝莎訶」
奉燒香。真言曰：
「阿閻縛囊沙鉢底羅素賀㗚儞也健陀值也蘇羅部若曩莽夜寧吠儞始薄訖底夜度報閻鉢羅底仡㗚呬也難唵阿賀羅阿賀羅薩羅縛尾儞夜達羅布爾莎訶」
奉食。真言曰：
「奧灑涕難羅素賀㗚他也𪾼灑涌多羅設怒麼里莽也寧唵吠儞始薄訖底夜鉢羅底仡呬也鉢羅四椰吽唵阿羅賀阿羅賀薩羅縛尾儞夜達羅布爾帝莎訶」
奉燈。真言曰：
「羅訖蒭近曩灑者跛尾怛羅室者瞻謨尾曇莽曩輸婆莽夜寧吠儞始薄訖底夜儞報閻鉢羅底訖㗚呬也難唵阿路迦也薩羅尾儞夜達羅布爾帝莎婆賀」
次運心供養。以心運想，水陸諸華，無曰主所，遍滿虛空，盡十方界，及以人天。妙塗香雲，燒香燈明，幢幡寶蓋，種種鼓樂，歌舞妓唱，真珠羅網，懸諸寶領。髣白拂微妙聲，鋒矜羯尼網。如意寶樹，衣服之雲天。諸廚膳上，妙香美味。宮殿樓閣寶柱。莊嚴身頭冠瓔珞。如是等雲，行者運心，遍滿虛空。以至誠心，如是供養，最為勝上。是故行者以決定心，而行此法。運心供養，誦持真言及作手印，如上所想皆悉成就。真言曰：
「唵薩羅嚩他龕搵娜𮓌帝娑頗羅呬門伽伽曩釰莎訶」
次讚歎佛曰：
「摩賀迦抳嚕建曩貪 捨娑跢藍薩嚩吠儞南奔女娜地蠅𩄽拏馱藍 鉢羅拏摩弭怛他誐眈」
「唵羅儗野惹曩南秫淡 戍婆訥𮓌底謨左釰 播羅沫體迦謎建躭 曩謎達𤚥舍麼嚩憾」
「穆訖躭穆訖底播他鉢羅跛躭誐乞灑野索弭野 嚩沙體躭乞灑怛覽尾始瑟鵂𩄽拏刎 曩謎僧健左婆嚩跢」
「薩嚩母馱婆羅捨跢野三勃哩跢野𩄽𩄽覽 阿嚩路枳多僧枳孃野 曩謨𩕳髻摩賀答摩儞」
「摩賀摩攞野贊拏野尾儞野羅惹野娑馱吠 訥難多娜摩迦夜 曩謨悉帝嚩日羅播拏曳」
「阿演覩泥嚩左誐素羅 緊那羅那囉鑠迦羅那野 鉢羅嚩羅達麼蘖里多地伽羅 尾達麼左鉢羅捨麼操爾也 儞銘多部多銘多鉢羅迦捨夜 怛儞賀室羅摩拏也馱𤚥」
次發願，次散念誦。先禮三寶，次禮本尊，然後普禮諸佛。次持誦人先麻座、捺婆等座，謂跏趺、半跏賢麻座，令身端直。次把數珠。右三迴轉。次安珠二掌中頂戴，次結根本印，誦根本真言。次念誦了，即頂戴珠，發願安置本處。次結根本印，誦根本真言。次更奉塗香華燒香飯燈，次運心供養，次讚，次奉閼伽，次發願，次解界，次示三昧，及禮拜諸尊，次誦現在諸如來之偈，次奉送真言，次迴九方便，次迴向，次三部三昧耶，次護身，次護本尊等，次遍禮諸尊，然後去。當堂道場，任意經行。
小指檀慧無名指戒方中指忍願頭指進力大指禪智。
「善來尊者，善來尊者，由本願力，而來降赴。顧乘加持，授此請，并受我所辦諸供養，起大慈悲，唯垂納受。」
「現在諸如來，救世諸菩薩，
不斷大乘教，到殊勝位者。
唯願聖天眾，決定證知我，
各當隨處安，後時垂哀赴。」
終頌：
「我今念誦祕密呪，普通三界得清淨，
願我生中除業障，福德圓滿利有情，
生生世世恒受持，四恩眾生共成佛。」
藥師儀軌一具